Nach seiner Schongauer Nachwuchszeit war er 2008 für eine Saison zum damaligen Bayernligisten Pfronten gewechselt, um dann wieder heimzukehren. Dass der gelernte Stürmer auch immer wieder in die Abwehr rückt, mache ihn umso wichtiger, lobt Pressesprecher Gerhard Siegl.
2018 war Matthias Müller vom TSV Peißenberg zur EAS gewechselt, wo er gleich sehr erfolgreich seinen Platz an der Seite von Milan Kopecky und Jakub Muzik einnahm. Die Folgesaison lief dann weniger nach Wunsch des bulligen Stürmers, sodass er kurzzeitig zu den damaligen Eishacklern und heutigen Miners zurückkehrte. In der Saison 2020/2021 ist er allerdings wieder im Aufgebot der EA Schongau.
Drei Spiele mit zwei Toren und einer Vorlage bestritt er an der Seite von Jakub Muzik und Roman Tomanek, dann bremste eine schwere Trainingsverletzung den 29-Jährigen aus. Bisher steht seine Bilanz für die EAS bei 27 Toren und 25 Vorlagen in 39 Spielen; weitere Punkte sollen folgen.